Воскресенский монастырь в изначальном виде находился слишком близко к воде. Грунт размывало, что постоянно грозило обрушением. Приблизительно в 1674-1677 годах, российский митрополит Иона Сысоевич, проведший детство в этом монастыре, где и принял постриг монашеский, был инициатором переноса монастыря дальше от воды. Под его руководством и началось возведение новых стен монастыря.

Батальные сцены, животные, эмблемы, гербы на зелёных поливных изразцах, использованные при строительстве впервые на то время, украшают монастырские стены по сей день. Архитектура не изменилась, всё, как XVII веке, когда братья Черкасовы заново отстроили вместо старого деревянного храма, каменный Воскресенский собор. Его первозданный замысел сохраняет память об основателе Ионе.

Главный храм расположен в самом сердце монастыря, имеет 5 серебрянных куполов. По бокам собора располагаются два придела, а сам собор окружён галереями. Звонница соединяет собор с церковью Одигитрии и монастырской трапезной, свод которой поддерживается огромным столбом.

По заметкам с сайта ladogahotel.ru, на котором можно недорого посетить и заселиться в петербург отели 3 звезды, монастырь обрамляет звонница с воротами, которые ведут во внутренний двор, к церкви Марии Египетской. Все здания соединены гульбищами, и словно встали на одной линии. Высокие подклети, искусная резьба, двуглавые орлы, мистические животные в зелёном обрамлении, придают монастырю величаво-неземной вид.

Хотя Воскресенский монастырь и был перенесён подальше от ручья Троицкого и реки Шелковки, грунт берега неумолимо размывался столетиями. Строительство Угличской ГЭС усугубило ситуацию. Взрывные работы, повышение уровня воды в реке, сказались неблагоприятным образом на стенах и сооружениях монастыря. Укрепление грунта и работы по реставрации старинных зданий, были произведены только в середине ХХ века.

С 1999 года монастырь снова начал свою жизнь и стал собственностью Русской Православной церкви.